KSeF – kończy się era faktur papierowych. O czym nie zapomnieć, szykując się na obowiązkowy system e-faktur?

Wejście w życie KSeF to nie tylko wymóg prawny, ale i konieczność reorganizacji procesów – od wystawienia faktury, przez jej analizę i akceptację, po archiwizację oraz obsługę płatności. To zadanie przekrojowe, wymagające zaangażowania działów księgowo‑finansowych, IT, administracji, handlu, a także kadry zarządzającej. To również proces niosący wiele wyzwań i starannego zarządzenia procesami podatkowymi.

Podstawą prawidłowej implementacji KSeF jest wdrożenie systemu fakturowania w pełni zintegrowanego z nową platformą. Oznacza to:

• wymianę lub aktualizację dotychczasowego oprogramowania księgowego i sprzedażowego, dostosowanie procesów fakturowania do nowych wymogów,
• konfigurację łączy API z KSeF,
• zarządzanie tokenami autoryzacyjnymi i nadawanie uprawnień poszczególnym użytkownikom,
• zapewnienie bezpieczeństwa danych.

KSeF to scentralizowany system rządowy, co oznacza, że ewentualne awarie mogą sparaliżować fakturowanie. Dla branży TSL, gdzie dokumenty wystawiane są często pod presją czasu (np. przy rozładunku w porcie czy na granicy), może to oznaczać opóźnienia w rozliczeniach z klientami. Brak dostępu do systemu uniemożliwi nie tylko wystawianie nowych faktur, ale też sprawdzanie statusu wcześniej przesłanych dokumentów.

Dlatego też nie można zapominać o testach bezpieczeństwa i symulacjach awarii. Problemy techniczne z KSeF mogą opóźnić wystawianie i odbieranie faktur, co bezpośrednio wpłynie na terminy płatności i płynność finansową firmy. W branży TSL, gdzie marże są często niskie, a koszty operacyjne wysokie (paliwo, wynagrodzenia kierowców i inne), każde opóźnienie w płatnościach może zagrozić stabilności finansowej.

W aspekcie bezpieczeństwa technicznego, przede wszystkim w kontekście dostępu do internetu, szczególnie ważny dla firm transportowych jest tryb offline24, który pozwala wystawić fakturę w systemie wewnętrznym i przesłać ją do KSeF najpóźniej do końca następnego dnia roboczego, zachowując pierwotną datę wystawienia.

Chociaż tryb offline24 ma zapewnić firmom elastyczność, jego niewłaściwe wykorzystanie niesie ryzyko kar. Jeśli firma nie prześle faktury do KSeF w wymaganym terminie (do końca następnego dnia roboczego), może zostać ukarana, mimo że dokument w systemie wewnętrznym został wystawiony na czas. To szczególnie problematyczne dla firm pracujących w miejscach o ograniczonej łączności z internetem.

Status odbiorcy faktury decyduje o obowiązkach w ramach systemu KSeF, głównie o formie i sposobie jej wysyłki do kontrahenta.

W szczególności w ramach transakcji:

• B2B krajowych – faktury muszą przechodzić przez KSeF,
• B2C i części transakcji zagranicznych – może być wymagane dodatkowe dostarczenie faktury, np. w PDF. W tym aspekcie pojawiają się zagadnienia związane z przygotowaniem wzorów wizualizacji faktury, którą ma otrzymywać kontrahent.

Największą trudność w TSL budzi ustalenie, czy kontrahent zagraniczny posiada w Polsce stałe miejsce prowadzenia działalności (ang. fixed establishment). Przykładowo: niemiecki operator logistyczny z własnym magazynem w Polsce i zatrudnionymi tu pracownikami może być zobowiązany do rozliczeń w KSeF. Brak takiego ustalenia lub błędna klasyfikacja statusu podmiotu grożą błędami w obiegu dokumentów czy nawet karami.

Dlatego warto opracować wewnętrzne procedury weryfikacji, np. listę kontrolną dla działu handlowego i księgowości, a w sytuacjach wątpliwych korzystać z interpretacji indywidualnych.

Codzienne wydatki kierowców – paliwo, opłaty drogowe, noclegi – stanowią duże obciążenie administracyjne. W modelu KSeF każda faktura je dokumentująca będzie widoczna w centralnym systemie, ale trzeba ją umieć odszukać i przypisać.

Jednym z ważniejszych problemów, z którym będą musiały zmierzyć się firmy, szczególnie te większe, będzie więc reorganizacja procesu rozliczania wydatków służbowych i pracowniczych. Dotychczasowy model, w którym pracownik otrzymywał fakturę bezpośrednio do ręki lub na e-mail, ulegnie zmianie. Z tym że na zmiany w otrzymywaniu faktur firmy powinny być już przygotowane od 1 lutego 2026 r. W nowym systemie KSeF:

• zasadniczo pracownicy nie będą otrzymywać faktur bezpośrednio od dostawców,
• wszystkie faktury B2B będą przesyłane przez KSeF,
• identyfikacja faktur będzie możliwa tylko poprzez unikalny numer KSeF, chyba że na fakturze znajdą się dodatkowe oznaczenia (jednak w praktyce wystawcy faktur mogą ich nie umieszczać),
• dostęp do systemu KSeF będą miały jedynie osoby upoważnione przez podatnika.

Sytuacja ta może prowadzić do problemów z weryfikacją faktur pracowniczych. Księgowy może nie mieć informacji o tym, kto i kiedy dokonał zakupu, może to również powodować:

• dublowanie księgowania faktur (raz otrzymanych w KSeF, a drugim razem w obiegu alternatywnym poprzez pracownika),
• komplikacje w powiązaniu faktury z konkretnym pracownikiem lub projektem,
• utrudnienia procesu rozliczania delegacji i wydatków służbowych.

Bez odpowiednich narzędzi łatwo o powielanie dokumentów lub przypisanie wydatku do niewłaściwego zlecenia (pracownika). Ogólnie mówiąc, rozliczanie w KSeF wydatków pracowniczych powoduje konieczność przemyślenia całego obiegu tych dokumentów w firmie.

W branży TSL faktura to często tylko jeden z wielu dokumentów potrzebnych do rozliczenia zlecenia. Dołączane są m.in. skany CMR, raporty wagowe, potwierdzenia dostawy, protokoły szkód. Dokumenty te mają nie tylko znaczenie księgowe, ale także stanowią podstawę do rozliczeń między kontrahentami.

W pierwotnej wersji ustawy o obligatoryjnym KSeF nie przewidziano możliwości dołączania załączników do faktur. Jednak w  odpowiedzi na liczne głosy przedsiębiorców projekt ustawy o KSeF 2.0 wprowadził pewne modyfikacje. System będzie umożliwiał dołączanie załączników (ale przesyłanie załączników do KSeF nie będzie obowiązkowe). Przewidziane są  pewne ograniczenia:

• Pomimo że zakres podmiotów mogących przesyłać e-fakturę z załącznikiem nie zostanie ograniczony do konkretnych branż, to jednak zgodnie z uzasadnieniem do projektu KSeF rozwiązanie to zostało przewidziane z myślą o przedsiębiorcach, którzy w załączniku do faktury zamieszczają rozbudowane dane w zakresie jednostki miary, ilości i ceny towaru lub usługi. W praktyce możliwość stosowania załączników nie będzie dostępna dla wszystkich przedsiębiorców, a jedynie dla tych branż, gdzie uzasadniają to specyficzne wymogi jego zawartości. Bez wątpienia w tym zakresie bardziej uprzywilejowani mogą się czuć dostawcy mediów (energia, gaz, telekomy) czy dostawcy paliw, niekoniecznie natomiast branża transportowa.
• Załącznik ma stanowić integralną część faktury ustrukturyzowanej. Nie będzie więc możliwości załączania dowolnych dokumentów w KSeF.
• Funkcja przesyłania faktur z załącznikiem będzie dostępna dla użytkowników KSeF po złożeniu odpowiedniego zgłoszenia (w API KSeF).
• Możliwość wystawiania i przesyłania do KSeF faktur z załącznikiem będzie odbierana m.in. w przypadku, gdy takie wystawianie i przesyłanie będzie niezgodne z zasadami ustawowymi.

Brak możliwości dołączania załączników w KSeF może prowadzić do konkretnych problemów operacyjnych:

• konieczność utrzymywania dla załączników równoległego obiegu dokumentów poza systemem KSeF,
• większe trudności w powiązaniu faktur z odpowiednimi załącznikami,
• komplikacje w przypadku kontroli podatkowych,
• wydłużenie czasu potrzebnego na przetwarzanie dokumentów.

W odpowiedzi na te wyzwania przedsiębiorcy mogą wypracować kilka rozwiązań alternatywnych:

• linki do zewnętrznych repozytoriów– w treści faktury umieszczane są odnośniki do dokumentów przechowywanych w bezpiecznych repozytoriach cyfrowych,
• rozbudowane opisy na fakturach– część informacji, które wcześniej znajdowały się w załącznikach, może być przeniesiona do pól opisowych na fakturze (należy pamiętać, że faktura ustrukturyzowana to nie „studnia bez dna” i zawiera swoje ograniczenia narzucone schematem struktury logicznej),
• systemy zarządzania dokumentami zintegrowane z KSeF – rozwiązania, które automatycznie łączą faktury z KSeF z odpowiednimi załącznikami przechowywanymi poza systemem.

Ministerstwo Finansów zapowiedziało, że kwestia załączników będzie jednym z tematów rozwijanych w kolejnych wersjach systemu KSeF. Być może w przyszłości pojawią się rozszerzone możliwości w tym zakresie, dostosowane do potrzeb konkretnych branż.

Dane z KSeF, które będą dostępne dla organów kontroli praktycznie w czasie rzeczywistym, to m.in. terminy płatności.

W branży TSL często obowiązują wydłużone terminy (nawet powyżej 60 dni), a rozpoczęcie biegu terminu płatności zależeć może od daty dostarczenia faktury, jej wystawienia czy od przekazania dokumentów przewozowych. Automatyzacja obiegu faktur może więc wymusić aktualizację warunków współpracy i większą dyscyplinę płatniczą.

Obowiązki w ramach obligatoryjnego e-fakturowania wchodzą etapami:

• 1 lutego 2026 r. – obowiązek dla firm o rocznych obrotach powyżej 200 mln zł za 2024 r.,
• 1 kwietnia 2026 r. – obowiązek dla pozostałych podatników VAT, z wyjątkami dla najmniejszych podmiotów.

Mniejsze firmy, w tym mikroprzedsiębiorcy, jeśli spełniają warunek w postaci miesięcznych obrotów poniżej 10 tys. zł, mogą korzystać z dotychczasowych form fakturowania do 31 grudnia 2026 r.

Jednak już od 1 lutego 2026 r. wszyscy, bez względu na termin wejścia obowiązku wystawiania e-faktury, muszą być przygotowani na odbieranie faktur od kontrahentów fakturujących w KSeF.

Ustawa o KSeF przewiduje znaczące kary za niedostarczenie do KSeF faktury na czas oraz niewystawienie jej w odpowiedniej formie lub strukturze. Kary te mogą wynosić nawet 100% kwoty podatku na fakturze, a jeśli brak kwoty podatku, to 18,7% wartości faktury.

Odpowiedzialność karna skarbowa za niewystawienie faktury przez KSeF jest odroczona, ale same kary za błędne lub nierzetelne wystawianie faktur na gruncie Kodeksu Karnego Skarbowego (KKS) nadal obowiązują.

Firmy muszą szczególnie pilnować terminów wystawiania i przesyłania faktur, dbać o poprawność danych, odpowiednie zabezpieczenie dostępu do KSeF oraz opracować procedury awaryjne na wypadek niedostępności systemu. KSeF pozwoli organom na automatyczną i szybką analizę danych, co bez wątpienia wymaga od firm podniesienia standardów dokumentacji i rozliczeń. W aspekcie KSeF wątek z dochowaniem należytej staranności pracowniczej w fakturowaniu nabiera nowego wymiaru i wymaga szczególnego nadzoru[1]. W praktyce oznacza to konieczność wprowadzenia podwójnej kontroli dokumentów – technicznej (czy faktura trafiła do systemu centralnego KSeF) i merytorycznej (czy odzwierciedla rzeczywistą transakcję i zawiera wszystkie dane).

KSeF to milowy krok w cyfryzacji procesów fakturowania, ale dla branży TSL to także jedno z największych wyzwań operacyjnych ostatnich lat. Wdrożenie wymaga m.in.:

• inwestycji w technologię,
• zmian w procedurach i umowach,
• przeszkolenia personelu operacyjnego i administracyjnego.

Podmioty gospodarcze, które w 2025 r. potraktują przygotowania priorytetowo, w 2026 r. unikną niepotrzebnego stresu i kosztów, a jednocześnie poprawią efektywność, szybkość rozliczeń i bezpieczeństwo obrotu gospodarczego.

[1] Zob. wyrok C-442/22 TSUE dotyczący odpowiedzialności firmy za puste faktury w związku z działaniem pracownika, który wystawiał fałszywe dokumenty bez wiedzy pracodawcy.